Semanur Erol
Tanım
Biyoinformatikte kullanılan çeşitli terimler vardır. Bu terimler aşağıdaki gibidir:
Accession Number (GenBank, EMBL, DDBJ): DNA kaynaklarına sunulan sekansa özgü kimlik numarasıdır. Accession Number genelde 1 büyük harf ve ardından gelen 5 rakam veya 2 büyük harf ve 6 rakamdan oluşur. Örnekler; U49845 veya MZ851949
Accession Number (RefSeq): Bütün bir RefSeq dizisine verilmiş kimlik numarasıdır. İsimlendirme de sırasıyla iki büyük harf, bir alt çizgi (_) ve 6 rakamdan oluşur ve ilk iki rakam dizi tipini gösterir. Örnekler; NT_123456
- NT_123456 birleştirilmiş genomik kontigler
- NM_123456 mRNA lar (mRNA lardan oluşmuş cDNA lar)
- NP_123456 proteinler
- NC_123456 kromozomlar
BAC (Bacterial Artificial Chromosome): BAC, diğer türlerden bakteriye klonlanan büyük bir DNA segmentidir. (100,000-200,000 b.ç)
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool): Aynı ya da farklı organizmalar arasında nükleotid ya da protein diziş karşılaştırılması ve benzer bölgelerin araştırılması için kullanılan yüksek hızda optimize edilmiş bilgisayar programıdır.
Blastn: Nükleotid-nükleotid BLAST, Blastn, nükleotid sekanslarını FATSA formatında, GenBank Accession numaraları veya GI numaraları şeklinde alır ve NCBI Nükleotid veritabanındaki verilerle karşılaştırır.
Blastp: Protein-protein BLAST, Blastp, nükleotid sekanslarını FATSA formatında, GenBank Accession numaraları veya GI numaraları şeklinde alır ve NCBI Protein veritabanındaki verilerle karşılaştırır.
BLAT: Sekanslar arasında 40 veya daha fazla uzunluğunda, %95 ve daha fazla orandaki benzerliği kolayca bulmaya yarayan DNA/Protein sekans analiz programıdır.
CD (Concerved Domain): Evrim sırasında korunmuş olan domainleri belirtir. Evrim sırasında protein içindeki aminoasidin spesifik pozisyonlarındaki değişimler, orijinal reziduların ve buna bağlı olarak proteinin orijinal rezidu taşıyan kısmının fonksiyonel özelliklerinin fizikokimyasal niteliklerini koruma yolunda meydana gelmiştir.
CDS (Coding Region, Coding Sequence ): Start kodonundan stop kodonuna kadar tamamı transle edilmiş bir kısım genomik DNA sekansını belirtir. Kısmi CDS, tam CDS nin bir kısmını içermez. Bir CDS in başarılı translasyonu, protein senteziyle sonuçlanır.
Cluster: Belli kriterler temel alınarak oluşturulan bir gruptur. Örneğin; bir gen cluster’ı belli kriterlere göre benzer ifade profilleri taşıyan gen toplulukları içerebilir veya bir cluster birbiriyle homoloji ilişkisi bulunan bir grup klonu belirtebilir.
Conting: Bir klon conting belirli kromozomun çakışan bölgelerini temsil eden klonlanmış DNA parçalarından oluşur.
Domain: Bir proteinin bağımsız olarak katlanabileceği ve kendine ait bir fonksiyona sahip olduğu varsayılan farklı bir protein kısmını belirler.
Entrez: Birkaç bağlı veritabanında araştırma yapabilmeyi sağlayan erişim sistemidir. Birçok NCBI veritabanına erişim sağlar.
ExPASy (Expert Protein Analysis System): Swiss Bioinformatics Institute’ un proteomik sunucusudur.
İdeogram: Bir organizmanın karyotipinin şematik gösterimidir.
ISSN (International Standart Serial Number): Elektronik serileri içeren, düzenli yayınlananyayınları belirten 8 rakamlı bir numaradır.
LinkOut: Entrezde, harici web sitelerindeki kaynaklara belirli makaleler, dergiler veya biyolojik veriler için link üreten kayıt servisidir.
NCBI(National Center for Biotechnology Information) : Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi
NLM (National Library of Medicine): Ulusal Tıp Kütüphanesi
OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man): OMIM, literatür referansları, sekans kayıtları, haritalar ve ilgili veritabanlarını içeren, insan genleri ve genetik hastalıklar rehberidir.
PDB (Protein Data Bank): PDB,3D makromoleküler yapı verilerini içeren veritabanıdır.
RefSeq: Referans sekansları için kurulmuş bir NCBI veritabanıdır.
Görsel Kaynak: https://www.pnnl.gov/explainer-articles/bioinformatics
Editör: Selin Su GÜNDÜZ