Semanur Erol
İçindekiler
Tanım
Biyoinformatik‘te kullanılan önemli terimler ve bu terimlerin açıklaması şöyledir:
Accession Number (GenBank, EMBL, DDBJ)
DNA kaynaklarına sunulan, sekansa özgü kimlik numarasıdır. Accession Number genelde, 1 büyük harf ve ardından gelen 5 rakam veya 2 büyük harf ve 6 rakamdan oluşur. Örnekler; U49845 veya MZ851949 gibi.
Accession Number (RefSeq)
Bütün bir RefSeq dizisine verilmiş, kimlik numarasıdır. İsimlendirme de sırasıyla iki büyük harf, bir alt çizgi (_) ve 6 rakamdan oluşur ve ilk iki rakam dizi tipini gösterir. Örneğin; NT_123456.
- NT_123456: Birleştirilmiş genomik kontigler
- NM_123456: mRNA’lardan oluşmuş cDNAlar
- NP_123456: Proteinler
- NC_123456: Kromozomlar için kullanılır.
BAC (Bacterial Artificial Chromosome)
BAC, diğer türlerden bakteriye klonlanan büyük bir DNA segmentidir. 100,000-200,000 baz çiftine sahiptir.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
Aynı ya da farklı organizmalar arasında, nükleotid ya da protein dizilim karşılaştırılması ve benzer bölgelerin araştırılması için kullanılan yüksek hızda optimize edilmiş bilgisayar programıdır.
Blastn
Nükleotid-nükleotid BLAST olan Blastn, nükleotid sekanslarını .fasta formatında, GenBank Accession Numaraları veya GI numaraları şeklinde alır ve NCBI Nükleotid Veritabanı’ndaki verilerle karşılaştırır.
Blastp
Protein-protein BLAST olan Blastp, nükleotid sekanslarını .fasta formatında, GenBank Accession numaraları veya GI numaraları şeklinde alır ve NCBI Protein veritabanındaki verilerle karşılaştırır.
BLAT
Sekanslar arasında 40 veya daha fazla uzunluğunda, %95 ve daha fazla orandaki benzerliği kolayca bulmaya yarayan DNA/Protein Sekans Analiz Programıdır.
CD (Concerved Domain)
Evrim sırasında korunmuş olan domainleri belirtir. Evrim sırasında, protein içindeki aminoasidin spesifik pozisyonlarındaki değişimler, orijinal reziduların ve buna bağlı olarak proteinin, orijinal rezidu taşıyan kısmının fonksiyonel özelliklerinin fizikokimyasal niteliklerini koruma yolunda meydana gelmiştir.
CDS (Coding Region, Coding Sequence )
Start kodonundan Stop kodonuna kadar tamamı, transle edilmiş bir kısım genomik DNA sekansını belirtir. Kısmi CDS, tam CDS’nin bir kısmını içermez. Bir CDS’in başarılı Translasyonu, protein senteziyle sonuçlanır.
Cluster
Belli kriterler temel alınarak oluşturulan bir gruptur. Örneğin; bir gen, clusterı belli kriterlere göre benzer ifade profilleri taşıyan gen toplulukları içerebilir veya bir cluster, birbiriyle Homoloji ilişkisi bulunan bir grup klonu belirtebilir.
Conting
Bir klon conting, belirli kromozomun çakışan bölgelerini temsil eden klonlanmış DNA parçalarından oluşur.
Domain
Bir proteinin, bağımsız olarak katlanabileceği ve kendine ait bir fonksiyona sahip olduğu varsayılan farklı bir protein kısmını belirler.
Entrez
Birkaç bağlı veritabanında araştırma yapabilmeyi sağlayan, Erişim Sistemi’dir. Birçok NCBI Veritabanı’na erişim sağlar.
ExPASy (Expert Protein Analysis System)
Swiss Bioinformatics Institute tarafından oluşturulan, Proteomik sunucudur.
İdeogram
Bir organizmanın, karyotipinin şematik gösterimidir.
ISSN (International Standart Serial Number)
Elektronik serileri içeren, düzenli yayınlanan yayınları belirten 8 rakamlı bir numaradır.
LinkOut
Entrez’de, harici web sitelerindeki kaynaklara belirli makaleler, dergiler veya biyolojik veriler için link üreten kayıt servisidir.
NCBI (National Center for Biotechnology Information)
Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi’nin kısaltmasıdır.
NLM (National Library of Medicine)
Ulusal Tıp Kütüphanesi’nin kısaltmasıdır.
OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man)
OMIM, literatür referansları, sekans kayıtları, haritalar ve ilgili veritabanlarını içeren, insan genleri ve Genetik Hastalıklar Rehberi’dir.
PDB (Protein Data Bank)
PDB, 3D makromoleküler yapı verilerini içeren veritabanıdır.
RefSeq
Referans sekansları için kurulmuş bir NCBI veritabanıdır.
Kaynaklar
- https://www.researchgate.net/publication/280041396_Biyoteknoloji_ve_Biyoinformatik
- http://tip.baskent.edu.tr/kw/upload/464/dosyalar/cg/sempozyum/ogrsmpzsnm16/16.P12.pdf
- https://dergipark.org.tr/en/pub/sdutfd/issue/20999/225722
Görsel Kaynak: https://alldus.com/blog/career-advice/skills-needed-for-a-career-in-bioinformatics/
Editör: Elif Berfin KORGAN