STR (Kısa Tekrarlı Diziler) Nedir?

Tanım

STR’ler (short tandem repeats), “mikrosatellit” olarak da bilinen kısa ardışık tekrar dizileridir. Bu diziler 2-6 baz çifti tekrarından oluşurlar ve toplamda 150 nükleotid uzunluğa ulaşabilmektedirler. Tipik olarak kodlamayan (intron) bölgelerde bulunan STR’ların %8’i kodlanan alanlarda (ekson) bulunmaktadır. İnsan genomunda ve bulundukları kromozomlardaki yoğunlukları değişken olmakla beraber insanda 19. kromozomda yüksek sıklıkta dağılmaktadır.

STR’ler tekrar eden dizinin uzunluğuna göre veya tekrarlanan dizinin yapısına göre sınıflandırılabilirler. Tekrar eden dizi uzunuluğuna göre mono-, di-, tri-, tetra-, penta- ve hexanukleotid olarak ayrılırken Tekrarlanan dizinin yapısına göre ise; basit, bileşik veya karmaşık tekrarlar olarak ayrılmaktadırlar.

STR Polimorfizmi Nedir?

STR dizilerinin sayısı kişiden kişiye farklılık göstermektedir. Bireylerin genomları arasında oluşan bu farklılık DNA’da poliformizm meydana getirmektedir. STR’lerin sayısından kaynaklı gerçekleşen bu poliformizm STR Polimorfizmi olarak adlandırılmaktadır.

STR Lokus	Kromozom Pozisyonu	Zincir	STR Dizisi
D6S1043	6q15	R	[AGAT]₁₂
D12S391	12p13.2	F	[AGAT]₁₁[AGAC]₇ [AGAT]
D16S539	16q24.1	F	[GATA]₁₁

Tablo 1 Bazı STR lokusları

X-STR’lerin Adli Bilimlerde Kullanımı Nasıldır?

Otozomal STR’ler uzun yıllar adli bilimlerde ve kimliklendirme çalışmalarında kullanılmış fakat zamanla gonozomal STR’lerin kullanımı önem kazanmıştır. Bu durumun öncelikli sebepleri; bazı karışık akrabalık vakalarında (örn. baba adayının baba/oğul olduğu ensest vaka) otozomal STR’lerin yetersiz kalması ve ilgili kişilerden direkt örnek alınmak zorunda olunması, ki baba adayının öldüğü durumda imkânsız, olarak sayılabilir.

X-STR’ler ile çalışılırken adaylardan alınan örneklerle sırasıyla; DNA izolasyonu, X-STR bölgelerini için özelleştirilmiş PCR kitleri ile amplifikasyon ve analiz çalışmaları yapılır. Çocuğun cinsiyetine ve adayların akrabalık ilişkilerine göre değerlendirme şekli ve güvenirliliği değişkenlik göstermektedir. Örneğin; X kromozomunun oğullara annelerinden geçtiği bilgisinden yola çıkılarak kız çocuk için baba adayının tayininde babaanneden alınan örnekler de kullanılmaktadır. Bu durum baba adayının baba/oğul olduğu örnekler için avantajlıyken abi/kardeş olduğu durumlarda kullanımı uygun değildir.

Kaynaklar:

Doğan Alakoç, Y. (2010). “ADLİ BİLİMLERDE DNA ANALİZLERİ “. Ankara Sağlık Hizmetleri Dergisi , 9 (2) , 1-8 . Retrieved from https://dergipark.org.tr/tr/pub/ashd/issue/40351/482210
Gettings, K. B., Aponte, R. A., Vallone, P. M., & Butler, J. M. (2015). STR allele sequence variation: Current knowledge and future issues. Forensic science international. Genetics, 18, 118–130. https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2015.06.005
Hajiyev, A., (2018), “Kısa Ardışık Tekrar Bölgelerinin (“short tandem repeats” – STR) Analizi Doku Karışıklığına Çözüm Olabilir mi ve Aynı Hastada Non-neoplastik ve Neoplastik Bölgeler Arası STR Profilinin Karşılaştırılması? – Ön Çalışma”, Uzmanlık Tezi, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Patoloji Anabilim Dalı, Ankara
http://www.biology.arizona.edu/human_bio/activities/blackett2/str_description.html
https://isogg.org/wiki/Short_tandem_repeat
EROGLU, A., YUKSEL, B., & ERGUDER, B. (2015). Importance of X-STR analysis in forensic science. Journal of Forensic Medicine, 29(3), 187-194.

Görsel Kaynak: https://www.le.ac.uk/genetics/maj4/NewWebSurnames041008.html

Editör: Meryem Melisa KAR