Sedef Çakır Giriş
Newcastle ve Umea Üniversitelerindeki bir araştırma ekibi, ribozomal proteinin dikkat çekici bir evrimsel dönüşüme uğradığını ve üç boyutlu yapısının ciddi anlamda değiştiğini, fakat dizisinin korunduğunu gözler önüne serdi.
MsL1/msL2 olarak adlandırılan protein, microsporidia adındaki parazitik mikroorganizmaların ribozomlarında yer alır ve bu organizmalarda protein sentezi mekanizmasının stabilize edilmesinde rol aldığı düşünülmektedir. Araştırma, Molecular Biology and Evolution dergisinde yayınlandı.
Dizisi korunmasına rağmen, msL1/msL2 iki ayrı microsporidia türü olan Encephalitozoon cuniculi ve Vairimorpha necatrix’de farklı katlanmalara sahiptir. Umea Üniversitesi’nden yazar Léon Schierholz, “İki protein yaklaşık olarak %41 dizi benzerliğine sahip. Bu duruma bakıldığında bu yapısal farklılık daha da dikkat çekici bir hal alıyor.” ifadelerini kullandı.
MsL1/msL2’nin farklı katlanmaları ribozomun içinde bulunan bağlanma bölgelerindeki farklılıkların bir sonucudur. E.cuniculi ribozomlarında msL2-Ec, V.necatrix ribozomlarındaki karşılığı msL1-Vn’den daha kısa bir ribozomal RNA (rRNA) sarmalına bağlanır. Ribozomal RNA dizisindeki bu değişiklikler, proteinlerin ribozomla olan etkileşimlerini devam ettirmek adına farklı katlanmalar yapmasına sebep olur.
Bilim insanları bütün bu bilgilere ek olarak msL1/msL2’nin farklı katlanmalarının fonksiyon kaybına sebebiyet vermediğini de buldu. İki protein de ribozoma bağlanabilir ve onu stabilize edebilir. Bu durum da proteinin yapısının fonksiyonuyla doğrudan ilişkili olmadığı anlamına gelir.
Bu araştırma, düzensiz bölgelere sahip olan ribozomal proteinler başta olmak üzere proteinlerin evrimi hakkında yeni bir bakış açısı kazandırmaktadır. Ayrıca, proteinlerin yapısının dizilimlerine kıyasla daha hızlı geliştiğini ve bu durumun ribozomdaki bağlanma noktalarındaki farklılıkların bir sonucu olduğunu ortaya koymaktadır.
Bu araştırmada, Newcastle Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden araştırma yazarı Sergey Melnikov, “Evrimi gözlemlemek oldukça zahmetlidir, çünkü iki farklı organizma ya da molekül arasındaki ‘geçiş formlarını’ genellikle inceleyemiyoruz. Ani ve radikal değişiklikleri görebiliyoruz. Biyolojik moleküllerin evrim sonucu ne gibi değişikliklere uğradığını anlamamıza yarayan bu geçiş formlarından birini bulduk.” ifadelerini kullandı.
Araştırma sonucu elde edilen veriler, protein evrimini, yapısını ve işlevini yönlendiren etkenleri ortaya çıkardı. Bunlara ek olarak, düzensiz proteinler başta olmak üzere proteinin yapısı ve işlevini öngörmek için dizi benzerliğine başvurmanın zorluklarını da göstermiş oldu.
Kaynak: https://phys.org/news/2023-12-ribosomal-protein-remarkable-evolutionary.html
Görsel Kaynak: https://phys.org/news/2023-12-ribosomal-protein-remarkable-evolutionary.html
Editör: Yasemin CANKAT
