A-, B- ve Z-DNA Nedir?

Tanım

DNA dendiğinde, Watson-Crick modeli olarak bildiğimiz B-DNA formu aklımıza gelse de gelişen kristalografi yöntemleri ile yapılan çalışmalar DNA’nın birden fazla formunun olduğunu ortaya çıkarmıştır. B-DNA gibi sağ-el sarmalı formu gösteren A-, C-, D- ve E-DNA formları ve sol-el sarmalı formu gösteren Z-DNA’nın da varlığı keşfedilmiştir.

B-DNA Nedir?

Watson ve Crick tarafından yayınlanan modeldir. En yaygın olarak bulunan DNA formudur. Sağ-el sarmalı gösteren bu formda; tam bir dönüş (helix pitch) 34 Å uzunluğundadır ve her dönüşte 10.4 baz çifti yer almaktadır. Bazlar sarmal eksenine dik olarak bulunur ve sarmalın çapı 20 Å (2 nm)’dur. Antiparalel olarak konumlanan zincirlerdeki nükleotidler fosfodiester bağları ile birbirlerine, iç kısımda kalan bazların yaptığı hidrojen bağları ile de birbirlerine bağlanırlar. Eksen üzerinde asimetrik olarak büyük ve küçük oluklar oluşmaktadır.

A-DNA Nedir?

DNA’nın normal fizyolojik koşullarda bulunmayan yüksek tuz ya da dehidrasyon koşullarında (ortamın bağıl nemi %75’ten az ise) baskın olan formudur. Sağ-el sarmalı formu gösterir fakat bazlar eksene dik olarak değil eğik ve yatay olarak bulunur. Sarmalın tam bir dönüşünde 11 baz çifti bulunur. Çapı B-DNA’nınkinden büyüktür ve 23 Å’dır. Şekil 3’te de görebileceğimiz gibi bazlar B-DNA’ya kıyasla merkezden daha uzakta bulunurlar ve tam bir dönüş 28 Å‘la B-DNA’dan daha kısadır. Bu yerleşimiyle B-DNA’dan daha sıkı bir yapı sergiler. Bu formda da zincirler antiparalel uzanır ve birbirlerine hidrojen bağları ile tutunurlar.

Z-DNA Nedir?

Sol-el sarmal yapısı gösteren DNA formudur. Bu formu diğerlerinden farklı kılan bir diğer özelliği zikzak konfigürasyona sahip olmasıdır. İsmi de buradan gelmektedir. Heliksin çapı 18 Å’dır ve her dönüşte 12 baz çifti bulunur. Tam bir dönüşün yüksekliği 45 Å’dır. Diğer formlarda olduğu gibi burada da zincirler hidrojen bağları ile birbirlerine tutunurlar. Majör ve minör oyuklar bulunur.

Kaynaklar:

1. http://people.bu.edu/mfk/restricted566/dnastructure.pdf
2. http://www.bch.cuhk.edu.hk/vr_biomolecules/different-form-of-dna.html
3. http://www.mikrobiyoloji.org/TR/Genel/BelgeGoster.aspx?F6E10F8892433CFFAAF6AA849816B2EFDE5403A0B751BAF2
4. Klug., W.S., Cummings, M. R., Spencer, C. A., “Genetik Kavramlar”, 8. Baskı, s. 246-249, Palme Yayıncılık, Ankara, 2011

Görsel Kaynaklar:

1. https://yandex.com.tr/gorsel/search?text=sa%C4%9F%20helix%20sol%20helix&pos=1&img_url=https%3A%2F%2Fslideplayer.com%2Fslide%2F5032448%2F16%2Fimages%2F26%2FFigure%2BThe%2Bright-%2Band%2Bleft-handed%2Bhelical%2Bforms%2Bof%2BDNA.jpg&rpt=simage
2. http://people.bu.edu/mfk/restricted566/dnastructure.pdf
3. https://www.researchgate.net/figure/Ball-models-of-A-B-and-Z-DNA-1-A-and-B-DNA-have-right-handed-helical-sense-and-Z-DNA_fig3_265115160
4. https://yandex.com.tr/gorsel/search?text=B-DNA&pos=66&p=1&img_url=https%3A%2F%2Farhivach.net%2Fstorage2%2Fc%2F44%2Fc44a39534dd85ca30562762a4c32efe5.png&rpt=simage

Editör: Meryem Melisa KAR