Alper Demirezen
Sıtma Çalışmaları ve Önemi
Bir çeşit parazit olan ve sıçan enfekte eden sıtma parazitlerinin bir alt sınıfının detaylarını ve kapsamlı bir şekilde yapılmış genom dizilemesi, insan sıtma araştırmalarına yön vermektedir. Sıçan enfekte sıtma parazitlerinin yeni bir genetik kaynağı, sıtmayı engelleme ve yeni terapötik stratejilerin keşfine, oluşumuna ve gelişimine yardımcı olmaktadır. Bu genom bilgisi ve olgular ile ilgili Japonya’daki bilim insanları ve KAUST (Kral Abdullah Bilim ve Teknoloji Üniversitesi)’den araştırmacılarla beraber çalışmaya dair veriler yayınlanarak bu veriler halka açık hale getirilmiştir.
Kemirgen sıtma parazitleri insan parazitleri ile yakından ilişki olduğu belirtilmiştir fakat laboratuvarda model organizma olarak kullanılan farelerin üretilmesi ve yetiştirilmesi kolay olduğu için çalışmalarda daha fazla tercih edilmektedir. Nagasaki Üniversitesi Tropikal Tıp Enstitüsünden Richard Culleton ile birlikte araştırmayı yürüten KAUST’den biyobilimci Arnab Pain, kemirgen sıtma parazitleri ile yapılan araştırmalar neticesinde yaşam döngüsü basamaklarında biyolojinin büyüleyici tarafını ve buna dair birçok yönünü ortaya koymada önemli bir rol oynadığını belirtmişlerdir.
Bu zamana kadar bu çalışma kapsamında üç adet spesifik türün araştırılması yer almaktaydı fakat dördüncü tür olan Plasmodium vinckei türüne fazla ilgi gösterilmeyip, araştırma yapılmamıştır. Pain, Culleton ve araştırma ekibi bu ilgi görmeyen tür için detaylı bir genetik kaynak oluşturmuşlardır ve ayrıca diğer türlerden ikisi olan Plasmodium yoelii ve Plasmodium chabaudi’ye ait yedi adet izolatın genomlarını dizilemişlerdir. Tropikal Afrika bölgesine ait Plasmodium vinckei’nin beş alt türüne ait on adet izolatın genomlarını diziledikten sonra ortaya çıkan sonuçta ortak atadan geniş ölçüde bağımsız oldukları kanıtlanmıştır. Esasen alt sınıfların veya türlerin üzerinde var olan evrimsel baskı bulundukları bölgeden bölgeye değişiklik göstermektedir. Yapılan dizileme çalışmaları da göstermiştir ki sıçan parazitlerinin evrim ağacı netlik kazanmıştır ve bununla birlikte üç yeni alt türün belirlenmesine yol açmıştır: Plasmodium yoelii, Plasmodium cameronensis esekanensis ve Plasmodium vinckei baforti. Bu araştırma sıtma parazit genlerinin fonksiyonunu belirlemeyi hedefleyen ve yapılan çalışmalara yardımcı olması beklenen alt türler arasındaki genotipik ve fenotipik varyasyonların detaylı analizini ortaya koymaktadır.
Bilim insanları floresan protein taşıması ve üretebilmesi için Plasmodium vinckei baforti alt türünün genetiğini değiştirerek modifiye etmişlerdir. Bu modifikasyon hedef bir genin değiştirilmesini veya çıkarılmasını mümkün kılmaktadır. Çalışmayı yürüten araştırmacılar oluşturdukları bu genetik kaynağın bu alanda çalışma yürüten araştırma topluluklarına çeşitli parazit modellerini sağlayacaklarını ve ayrıca bu kaynağın sıtma parazitlerinin sivrisineklerde oluşturdukları virülansını, ilaç direncini ve bulaşıcılığını etkileyen genleri tanımlamak, belirlemek veya tespit etmek için kullanışlı olduklarını belirtmişlerdir. Araştırma toplulukları bilim insanları oluşturdukları genetik kaynağını onaylamışlardır. New York Üniversitesi Genomik ve Sistem Biyolojisi Direktörü olan Jane Carlton, oluşturulan bu kaynağın gayet zengin bir kaynak olduğunu yazdığı bir yazıda bildirmiştir.
Kaynak: https://phys.org/news/2021-05-genetic-treasure-trove-malaria.html
Görsel Kaynak: https://phys.org/news/2021-05-genetic-treasure-trove-malaria.html
Editör: Seray YETKİN